El banco de germoplasma de la Estación Biológica aunque es todavía incipiente, se ha centrado en grupos vegetales muy relevantes con necesidades de conservación y con gran potencialidad desde el punto de vista fitoquímico. Actualmente las dos colecciones más importantes son las de Amaryllidaceae y las de Salvia y otros géneros afines. Pero también se están conservando especies de Thymus, Origanum y de forma más general todas aquellas plantas que han sido usadas como medicinales en la tradición mediteráneas y alpina. El método de conservación elegido es el propio para las colecciones base y activa, es decir para una conservación a largo plazo.

Previamente, mediante estudios experimentales realizados en el CRF-INIA de Alcalá de Henares se ha comprobado el comportamiento ortodoxo en diversas Amaryllidaceae (Narcissus, Pancratium y Lapiedra), hecho ya conocida para diversas Labiatae. Las semillas por tanto, son desecadas en cámara de metacrilato mediante la introducción de cantidades proporcionales de silicagel con indicador de viraje de humedad. Una vez desecadas se introducen en tubos pyrex con tapón de rosca y cierre de goma, con una porción del mismo silicagel, separada de las semillas por algodón. Cada grupo de tubos así dispuestos, son a su vez colocados en frascos de vidrio más grandes con cierre hermético y con otra nueva capa de silicagel (doble protección). Los envases así dispuestos se introducen en congeladores a -21ºC, para su conservación a largo plazo.